安徽医科大学前身是1926年创建于上海的私立东南医科大学,1930年改称东南医学院,1949年底响应中共中央华东局“面向农村,走向内地”的号召,内迁安徽怀远,成为安徽省第一所高等医科院校。1951年由私立改为公立,1952年迁至安徽省省会合肥,更名为安徽医学院,1985年更名为安徽医科大学。
学校名称为安徽医科大学,简称“安医大”,英文名称为Anhui Medical University,英文缩写AHMU。