校徽为两个同心圆。内圆中为“迎客松”“蛇杖”图样和数字“1926”。“迎客松”是安徽省的象征，“蛇杖”是医学的标志，“1926”是学校创建年份。外圆上方为中文“安徽医科大学”字样，下方为英文“ANHUI MEDICAL UNIVERSITY”字样。颜色为绿色(安徽医科大学标准色C100 M0 Y100 K40)。
